Program ini berdiri pada tahun 1990 berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 73 tahun 1987. Program ini didirikan sebagai koreksi atas pendidikan Islam, terutama di bidang ilmu-ilmu agama, yang tidak dapat menghasilkan sarjana atau ulama yang memiliki kompetensi memadai. Hal ini dapat dilihat dari banyaknya sarjana Agama Islam yang tidak bisa membaca kitab kuning dan tidak menguasai bahasa Arab. Untuk itu, para pemikir pendidikan Islam pada waktu itu terutama para ulama merasakan pentingnya meningkatkan mutu pendidikan di Perguruan Tinggi Islam dengan menyiapkan calon in put yang berkualitas.

Pada awal berdirinya MAPK Surakarta hanya membuka kelas putra, kemudian pada tahun 1994 dibuka untuk kelas putri. Program ini mengalami beberapa kali perubahan nama. Pemerintah dalam hal ini Kementerian Agama telah merubah nama dan kurikulum MAPK sebanyak 5 kali. Pada tahun 1994 merubah MAPK menjadi MAK (Madrasah Aliyah Keagamaan). Pada tahun 2004 melebur MAK ke dalam Madrasah Aliyah dan berubah menjadi jurusan IAI ( Ilmu Agama Islam ). Kemudian pada tahun 2007 merubah IAI menjadi Program Keagamaan. Pada era kurikulum K13 (Th.2013) Program keagamaan dirubah lagi menjadi peminatan keagamaan dan semua MA didorong untuk membuka peminatan keagamaan. Pada tahun 2017 kementerian agama menghidupkan kembali MAPK dengan merevitalisasi 10 madrasah yang dahulu pernah menyelenggarakan MAPK termasuk MAN 1 Surakarta. Revitalisasi ini dilakukan atas rekomendasi dari berbagai penelitian dan kajian serta para alumni yang telah banyak berkiprah baik pada tingkat nasional maupun internasional.