MAPK MAN 1 Surakarta bertujuan untuk menyiapkan generasi yang berakhlaqul karimah dan memiliki keahlian di bidang Ilmu agama Islam dan bahasa asing, mampu mengembangkan diri sebagai ulama dan intelektual muslim yang berwawasan global, serta menguasai teknologi informasi dan komunikasi. Kurikulum Program Keagamaan didesain 70 % Ilmu-ilmu Agama dan 30 % Ilmu-ilmu umum. Setiap lulusan MAPK diharapkan memiliki kemampuan berbahasa Arab dan bahasa Inggris aktif dan kemampuan membaca kitab kuning dan buku-buku teks berbahasa Arab dan Inggris serta hafal minimal 6 juz Alquran.

Program Kusus Keagamaan MAN 1 Surakarta diselenggarakan dengan sistem pondok pesantren (Islamic boarding school) di bawah bimbingan para asatidz lulusan Timur Tengah dan pondok pesantren.

1. Kegiatan Pembelajaran Pembelajaran pada Program Khusus Keagamaan MAN 1 Surakarta terdiri dari 4 tahap :

a). Kegiatan Pembelajaran Pagi (07.00 – 14.30) Merupakan pembelajaran terstruktur dengan kurikulum acuan standar nasional yang ditetapkan Departemen Agama dengan berbagai pengembengan. Buku teks siswa, dan bahasa pengantar untuk mapel-mapel agama kecuali SKI menggunakan bahasa Arab.

b). Kegiatan Tutorial Sore ( 14.30 – 16.10) Tutorial sore merupakan pembelajaran terstruktur untuk pengembangan bahasa Arab dan Inggris, serta kajian ilmu-ilmu keislaman dari sumber-sumber asli (kitab berbahasa Arab).

c). Kegiatan Ma’hadi Kegiatan ma’hadi merupakan kegiatan ke-ma’had-an yang diselenggarakan secara terjadwal maupun tidak terjadwal sebelum dan setelah shalat subuh, setelah shalat magrib, dan isya. Kegiatan ke-ma’had-an meliputi kegiatan akademik kajian kitab dan tahfid, kegiatan pengembangan bahasa, pengembangan public speaking dan pembinaan ibadah dan kedisiplinan.

2. Kegiatan Pengembangan diri. Kegiatan pengembangan diri merupakan program ekstra kurikuler untuk membantu siswa agar berkembang secara optimal, baik secara pribadi maupun sosial. Kegiatan pengembangan diri meliputi :

1. Kegiatan Bimbingan dan Konseling
2. Kegiatan organisasi. Selain OSIS juga terdapat organisasi siswa di ma’had bernama OPPK (Organisasi Pelajar Program Khusus )
3. Kegiatan Karya Ilmiah Remaja (KIR)
4. Kelompok Jurnalistik dan Tulis Menulis (Majalah Dinding , Buletin Tiga Bahasa El-Quds , Majalah Tiga Bahasa El-Inthilaq , Forum Lingkar Pena )
5. Kegiatan Seni ( Firqoh Kaligrafi El-Hasyimy, Group Hadrah, Seni Tulawatil Qur'an )
6. Kegiatan Wirausaha Koperasi Santri ( Koperasi El- Lu'lu' wal Marjan ).
7. Latihan Pidato (Muhadharah) 4 Bahasa ( Arab, Inggris, Inonesia, Jawa )
8. Kegiatan olah raga (Badminton, Futsal, Seni bela diri)
9. Pelatihan dan Praktek Dakwah ( Praktek Pengajaran TPA, Camping Dakwah Ramadhan ( CDR) )